・層間角膜炎(DLK)の発生や、フラップの作成や接着に時間がかかる。
・フラップ作成後、レーザー照射の手術台まで移動しなければならない。
・長期に渡る安全性については、検証されていない。
・コントラスト感度が低下する。
・ハロ・グレアが少なくない割合で出現する。
・裸眼（眼鏡・コンタクトレンズを使用しない）視力は、ほぼ間違いなく向上するが、矯正（眼鏡・コンタクトレンズを使用）視力は、低下することがある。
・角膜を削り過ぎると遠視になり、これを再度修正することは困難である。
そのため若干控えめに手術するので、軽い近視が残ってしまうので、
自動車の運転などは、高い視力を要求されるので、引き続き眼鏡が必要になることがある。
・角膜中心部の曲率しか変わらないため、夜間、瞳孔が開くと、
角膜周辺部の術前と変わらない曲率の部分を通った光線が、網膜に到達するようになり、
これにより、二重に像がを生じることがある。
・近視の進行する若年に手術は受けられない。
また、老眼になる事には変わりないので、その時に眼鏡が必要になる事がある。
・パイロットになるための、航空身体検査基準に不適合となる。
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